Muinaisusko alkoi Suomessa keskiajalla saada kristinuskosta kilpailijan. Idästä tulleet keskeiset kristinuskoon liittyvät sanat viitannevat siihen, mistä kristinopit ensin levisivät, mutta läntisen (katolisen) kirkon piiriin Suomi kuului 1100-luvulta aina 1500-luvun lopun luterilaiseen “uskonpuhdistukseen”. Puhdasoppisuusvaatimus tarkoitti 1600-luvun ajan, ettei muita kuin luterilaista uskontoa saanut harjoittaa (maastakarkoituksen uhalla). Uskoa puhdistettiin nimenomaan katolilaisuudesta, muinaisuskon piirteitä ja vanhoja taikauskoja ym. kansanuskoa suvaittiin enemmän. Teologien noitateoria rantautui myös Suomeen ja sai aikaan hieman hysteriaakin. Väitettyyn noitasapattiin liittyviä oikeudenkäyntejä oli 1660-luvulla.
Viimeistään luterilaisuuden mukana kirkko ja valtio sidottiin toisiinsa papiston muodostaessa osan virkamiehistöstä. Pietismi kuitenkin levisi 1600-luvun lopulla Suomeen ja aiheutti tämän liiton kyseenalaistamista. 1726 - 1870 voimassa olleen konventikkeliplakaatin avulla pietismiä rajoitettiin kieltämällä luvattomat, ilman seurakunnan pappia järjestetyt uskonnolliset kokoontumiset. 1800-luvun mittaan ympäri Suomea syntyi kuitenkin herätysliikkeitä ja niiden seuraan 1900-luvun puolella liittyi myös Yhdysvalloista peräisin oleva herätyskristillisyyden muoto, ns. vapaat suunnat.
1859 jaettiin kunnallishallinto hengellisiin asioihin keskittyvään kirkonkokoukseen ja maalliset asiat hoitavaan pitäjänkokoukseen. Kansakouluasetus 1866 otti koulutuksen pois kirkon hallinnasta; oppikoulu irtosi tuomiokapitulin alaisuudesta 1870 uuden kirkkolain takia. Samaisen lain mukaan aiempaa itsenäisempi kirkko (uuden kirkolliskokouksen kautta) säätäisi itseään koskevat lait, vaikka valtio valvoikin uskonnollisten yhteisöjen toimintaa.
Sisällissodan jälkeen kommunismin vastustajana profiloituneen kirkon poliittinen valta-asema yhteiskunnassa voimistui vuosisadan alkuun nähden. Uskonnonvapauslaki astui silti voimaan 1923. (Tämä johti siviilirekisterien ja myöhemmin mm. Vapaa-ajattelijain Liiton perustamiseen.) Koska monet papit olivat menneet mukaan äärioikeistolaiseen lapuanliikkeeseen 1920-luvulta lähtien, kirkon arvostus heikkeni yhteiskunnassa. Kirkon johto torjuikin liikkeen 1932. Toisen maailmansodan ansiosta kirkon arvovalta kasvoi taas, mutta ei pysyvästi.
1960-luvulla alkanut Suomen merkittävä teollistuminen ja sitä seurannut muutto maalta kaupunkeihin, sekä 1990-luvulla alkanut maahanmuutto ovat modernisoineet (esim. koulutuksen osalta) ja moniarvoistaneet suomalaista yhteiskuntaa, sekä näiden kautta vahvistaneet sekularisaatiota. Erilaisia uskontoja on rantautunut Suomeen jonkin verran (ja Karhun kansa syntynyt täällä), mutta uskonnottomuus ja uskonnollisiin yhteisöihin kuulumattomuus on kasvanut huimaa vauhtia etenkin Vapaa-ajattelijoiden avattua Eroakirkosta.fi -palvelun 2003.
